Для оказания железнодорожных услуг ПАО «Башстройтранс» имеет в своем составе: управление, локомотивную службу, службу ОГМ, службу энергетика, службу пути, служба движения. Имеет лицензию на работу с опасными грузами, сертификат соответствия, удостоверяющий право проведения ремонта и обслуживания локомотивов и жд путей.